Yahoo! には「サイト検索」と「ページ検索」があります。サイト検索では「Yahoo!カテゴリ」に登録されたページのみが検索されます。Yahoo!カテゴリには「サイトの推薦」で推薦されたサイトの中から Yahoo! が厳選したサイトのみが掲載されます。ページ検索は、ロボットと呼ばれるプログラムで、世界中のページを自動的に探索し、自動的にデータベースに登録しています。
Google は、リンクをたぐって世界中のサイトを自動巡回(クロール)し、データベースに登録していきます。従って、誰かにリンクされていて、自動巡回が回ってくれば、自動的に登録されます。「URLの登録と更新」から自動巡回を促すこともできます。
goo も現在は、Google のデータベースを利用しています。Google に登録されれば、goo からも検索可能になります。
「一発太郎」や「さぶみっと! JAPAN」など、複数の検索エンジンに一括で登録を代行してくれるサービスがあります。類似のサービスは、Google で「検索エンジン 登録代行」を指定して探してみましょう。
検索エンジンで上位にランキングされるようにすることを SEO(Search Engine Optimization)と呼びます。一昔前の検索エンジンでは、キーワードを多く含む、タイトルや章題など重要な文章にキーワードを含む、<meta name="keywords" content="キーワード"> でキーワードを指定するといったテクニックが一般的でした。現在の検索エンジンではこれらに加え、多数のサイトからリンクされているページを上位にランキングしているようです。